FMIPA UI memiliki pusat unggulan riset universitas atau lebih dikenal dengan nama Center of Exellence (CoE). CoE memiliki 2 macam pusat penelitian yaitu CoE Nano Science and Techology (CoE NST) dan CoE Indigenous Biological Resources-Genome Studies (CoE IBR-GS).
CoE Nano Science and Technology dibentuk untuk mengembangkan riset bidang nanoscience dan nanotechnology. Nanoscience dan nanotechology menjelaskan pemahaman dan pengontrolan material sampai pada ukuran 1-10 nanometer, dimana fenomena yang unik ini dapat diaplikasikan dengan cara baru. Nanoscience mempelajari sifat-sifat material dalam skala nano, sedangkan nanotechnology mempelajari pembuatan dan penggunaan material dan peralatan yang dikontrol dalam skala nano.
Sementara itu, CoE Indigenous Biological Resources-Genome Studies didirikan untuk mempromosikan sumber daya hayati indigenous Indonesia yang penting dari segi ilmiah dan bermanfaat bagi industri/komersial melalui genome-based analysis. Selain itu, dilakukan pengembangan bioinformatics database dari sumber daya hayati indigenous untuk meningkatkan hasil riset yang dapat diaplikasikan di industri. Kegiatan CoE IBR-GS juga turut mendukung Universitas Indonesia melalui kegiatan pendidikan dan riset di universitas.
