Dua Pusat Unggulan Riset Universitas atau Centre of Excellence (CoE) berada di FMIPA
CoE Nono Science and Technology (CoE NST) mengembangkan riset Bidang nonoscience dan nonotechnology. Nonoscience an nonotechnology menjelaskan pemahaman dan pengontrolan material sampai pada ukuran 1-10 nanometer, dimana fenomena yang unik ini dapat diaplikasikan dengan cara baru. Nonoscience mempelajari sifat-sifat material dalam skala nano, sedangkan nontechnologi mempelajari pembuatan dan penggunaan material dan peralatan yang dikontrol dalam skala nano.
CoE Indigenous Biological Resource-Genome Studies (CoE IBR-GS) dibentuk untuk mempromosikan sumberdaya hayati indigenous Indonesia yang penting dari segi ilmiah dan bermanfaat bagi industri/komersial melalui genome-based analysis. Selain itu, dilakukan pengembangan bioinformatics database dari sumberdaya hayati indigenous untuk meningkatkan hasil riset yang dapat diaplikasikan di industri. Kegiatan CoE IBR-GS juga turut mendukung Universitas Indonesia melalui kegiatan pendidikan dan riset di universitas.
selain itu beberapa pusat penelitian juga berapa di FMIPA, yaitu :
- Pusat Penelitian Ilmu Material
- Pusat Penelitian Geografi Terapan
- Pusat Studi Obat Bahan ALami
- Pusat Studi Komputer dan Teknologi Informasi
- Pusat Studi Kelautan
- Pusat Kajian Resiko Keselamatan Lingkungan
- Pusat Sinergi Riset & Bisnis
- Pusat Studi Biodiversitas & Konservasi (PSBK)