Sebagai sumbangsih FMIPA UI untuk komunitas sains sejenis, FMIPA juga memiliki jurnal sendiri yang dapat menampung hasil-hasil karya penelitian baik dari dalam maupun dari luar FMIPA berupa jurnal ilmiah. Berikut adalah jurnal-jurnal yang dikelola FMIPA UI, yaitu:

• Jurnal Geografi Lingkungan Tropik (Journal of Geography of Tropical Environments): jglitrop.ui.ac.id
• Indonesian Journal of Mathematical Sciences (Indonesian Journal of Mathematical Sciences): (on going)
• Jurnal Geosains Terapan: https://geosainsterapan.id
• Jurnal Fisika Medis : http://www.jmpb.org/index.php/jmpb